本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
高通量定序技術使得以高效且經濟高效的方式分析生物體的所有小非編碼 RNA (ncRNA) 成為可能。小RNA-seq資料集的中等大小使得向研究社群提供免費網路服務成為可能，這些服務提供小RNA-seq分析的許多基本特徵，包括品質控制、讀取標準化、ncRNA定量和假定的新型ncRNA的預測。 DARIO 就是這樣一種系統，迄今為止一直專注於動物。在這裡，我們介紹了該系統的擴展，以種植短非編碼 RNA (sncRNA)。它包括應對植物特異性 sncRNA 加工的重大修改。 plantDARIO的當前版本涵蓋了映射文件分析、小RNA-seq品質控制、帶註釋的sncRNA的表達分析，包括從未知表達位點預測新的miRNA和snoRNA以及用戶定義位點的表達分析。目前包括擬南芥、甜菜和番茄。此網路工具連結到植物特定的視覺化瀏覽器，以顯示分析樣品的讀數分佈。 plantDARIO 易於使用的平台可量化來自不同 sncRNA 資料庫的註釋 sncRNA 以及我們小組註釋的新 sncRNA 的 RNA 表現。 plantDARIO 網站可至：