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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-11-03
摘要
動機：最近的技術發展促進了微生物組-代謝組學研究的擴展，其中使用基因組和代謝組學技術對樣本進行分析，以表徵微生物類群和代謝物的豐度。這些研究的一個共同目標是確定導致樣本之間代謝物水平差異的微生物物種或基因。先前的工作表明，將這些數據集與微生物代謝能力的參考知識相結合可以使微生物代謝物連結的推論更加精確和可靠。結果：我們提出了 MIMOSA2，一個 R 套件和 Web 應用程序，用於對微生物組-代謝組數據集進行基於模型的綜合分析。 MIMOSA2 使用基因組和代謝參考資料庫建立基於微生物組數據的群落代謝模型，並使用該模型來預測樣本之間代謝物水平的差異。將這些預測與代謝組學數據進行比較，以確定假定的微生物組控制的代謝物和代謝物變異的分類學貢獻者。 MIMOSA2 支援各種輸入資料類型和使用者定義的代謝途徑的客製化。我們建立了 MIMOSA2 在模擬資料集中識別真實微生物機制的能力，將其結果與蜜蜂微生物群中實驗推斷的機制進行比較，並證明其在兩項人類發炎性腸道疾病研究中的應用。總體而言，MIMOSA2 結合了參考資料庫、經過驗證的統計框架和使用者友好的介面，以促進建模和評估微生物群成員與其代謝物之間的關係。