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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2024-03-12
摘要
AsymmeTree 是一個靈活且易於使用的 Python 套件，用於模擬基因家族歷史。它模擬物種樹，並考慮基因複製、缺失、轉換和水平轉移的聯合作用，以沿著物種樹進化基因家族。為了產生真實的場景，對各種來源的進化率異質性進行了建模。最後，可以沿著基因係統發育模擬核苷酸或胺基酸序列（可選擇性地具有插入缺失、位點間速率異質性和不變位點）。對於所有步驟，使用者可以從一系列替代方法和參數中進行選擇。這些選擇包括類似工具中常用的大多數選項，但也包括一些通常找不到的選項，例如物種進化的創新模型。雖然可以產生每個單獨步驟的輸出文件，但 AsymmeTree 主要旨在整合到複雜的 Python 管道中，旨在評估資料分析方法的效能。它允許使用者與模擬場景進行互動、分析以及可能的操作。 AsymmeTree 可在 GitHub 上免費取得。