摘要 RNA 的結構分析是研究此類分子在細胞內和體外功能的重要且通用的工具

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• 類型：已發表論文
• 日期：2024-03-12

摘要

RNA 的結構分析是研究此類分子在細胞內和體外功能的重要且通用的工具。有幾種強大且可靠的程序可供使用，這些程序依賴於在逆轉錄過程中誘導 RT 終止或核苷酸錯誤摻入的化學修飾。其他則基於裂解反應和 RT 終止訊號。然而，這些方法僅解決 RT 終止或錯誤摻入位置的一側。在這裡，我們描述了 Led-Seq，這是一種基於鉛誘導不配對 RNA 位置裂解的新方法，其中對兩種產生的裂解產物進行了研究。攜帶2'、3'-環磷酸或5'-OH末端的RNA片段透過特定的RNA連接酶選擇性地連接至寡核苷酸接頭。在深度定序分析中，切割位點被識別為連接位置，避免了因過早 RT 停止而可能出現的假陽性訊號。透過大腸桿菌中的一組基準轉錄本，我們證明 Led-Seq 是一種基於金屬離子誘導的磷酸二酯水解來研究體內 RNA 結構的改進且可靠的方法。