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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2024-03-12
摘要
使用來自體外研究的公開 scRNA-seq 數據對宿主細胞對 SARS-CoV-2 感染的反應進行偽時間分析，揭示了一種非線性、三相轉錄反應，並提出了一種全局調節機制。單細胞 RNA 定序 (scRNA-seq) 是目前可用於研究數千個細胞對外部擾動的轉錄反應的最強大技術之一。在這裡，我們使用來自人類支氣管上皮細胞以及結腸和迴腸類器官的公開 scRNA-seq 數據對 SARS-CoV-2 感染進行偽時間分析。我們的結果表明，對於大多數基因來說，對 SARS-CoV-2 感染的轉錄反應遵循非線性模式，其特徵是初始和最終的下調階段，中間有一個上調階段。轉錄譜的相關分析顯示調節大多數基因 mRNA 水平的共同機制。有趣的是，粒線體中編碼的基因或參與翻譯的基因表現出不同的偽時間特徵。為了解釋我們的結果，我們提出了一個簡單的模型，其中 nsp1 敏感轉錄本的核輸出抑制足以解釋 SARS-CoV-2 感染細胞的轉錄關閉。