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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2024-03-12
摘要
共同組成Myzozoa的頂複門類、甲藻類和色足類的粒線體基因組僅編碼三種蛋白質（細胞色素b [COB]、細胞色素c氧化酶亞基1 [COX1]、細胞色素c氧化酶亞基3 [COX3]），包含片段化核醣體RNA，並且表現出廣泛的重組、RNA轉拼和RNA 編輯。早期分化的Perkinsozoa是最後一個主要的Myzozoan譜系，其粒線體基因組仍知之甚少。先前對帕金瑟斯基因的報導表明，非典型特徵的獨立獲取，即多重移碼的發生。為了確定祖先的Myzozoan和新的Perkinsozoan線粒體基因組特徵，我們對四個Perkinsus物種的線粒體基因組進行了測序和組裝。這些數據顯示了一個簡單的祖先基因組，其編碼能力普遍降低，但易於重排。我們在這四個物種中發現了 75 個移碼，這些移碼以不同的類型發生，並且在基因位置上高度保守。解碼機制顯然在移碼位點使用未使用的密碼子，將+1或+2幀推進到下一個使用的密碼子。移碼的位置似乎是為了調節新生蛋白質從核醣體出現時的蛋白質摺疊。 cox3 基因的獨特之處在於僅包含一個移碼，並且對在 cox1 和 cob 中的移碼位置處經常編碼的殘基表現出強烈的選擇。所有基因都缺乏半胱氨酸密碼子，這意味著這些基因組中的胺基酸減少到 19 個。此外，Perkinsus spp 中粒線體編碼的 rRNA 片段互補體不完整。但有些是在核 DNA 中發現的，顯示它們被輸入到細胞器中。珀金斯展示了細胞器基因組演化的進一步顯著軌跡，包括移碼翻譯普遍整合到基因組表現中。