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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2024-03-12
摘要
動機：經常分析微生物組功能數據，以確定微生物功能（例如基因）和感興趣的樣本組之間的關聯。然而，僅透過考慮功能來區分社區範圍內功能概況變化的不同可能解釋是具有挑戰性的。為了幫助解決這個問題，我們開發了 POMS，這是一個實現多個系統發育感知框架的套件，可以更穩健地識別豐富的功能。結果：關鍵貢獻是擴展的平衡樹工作流程，它結合了功能和分類信息，以識別跨獨立分類譜系的樣本組中一致豐富的功能。我們的軟體包還包括用於運行系統發育回歸的工作流程。基於模擬數據，我們證明與常用工具相比，這些方法可以更準確地識別具有選擇性優勢的基因家族。我們還表明，POMS 特別可以識別現實世界宏基因組資料集中的豐富功能，這些功能是對微生物組多個成員進行強選擇的潛在目標。