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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2024-03-12
摘要
背景：通常，序列和結構元素被假設為一致進化，使得同源序列位置對應於同源結構特徵。因此，假設一致進化，基於序列和結構相似性的比對可以在單一比對中同時優化兩種相似性。為了模擬序列和結構特徵在位置上不同的不一致演化，我們最近引入了雙比對。這種基於序列和結構的比對的概括最好理解為相同實體的兩個不同的成對比對的比對：一個建模序列相似性，另一個建模結構相似性。結果：可以在四次空間和時間中精確計算兩個組成比對的具有仿射間隙成本（或仿射移位成本）的最佳雙比對。即使具有仿射位移和間隙成本的雙對準，以及具有亞加性間隙成本的雙對準也能有效優化。可以計算大蛋白質（類似 930 個胺基酸）的仿射間隙成本雙比對。結論：仿射成本雙比對對於研究蛋白質序列和蛋白質結構相對於彼此的變化具有實際意義。