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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2025-03-05
摘要
背景識別不同分類群物種之間基因斷點的位置可以為潛在的演化過程提供有用的見解。給定其基因的確切位置，可以毫不費力地計算出斷點。然而，現有的基因註釋通常是錯誤的，或者只有核苷酸序列可用。特別是在粒線體基因組中，基因順序的高度變異通常伴隨著高度的序列不一致。這使得準確定位線粒體基因組核苷酸序列中的斷點成為一項具有挑戰性的任務。結果此貢獻提出了一種檢測完整粒線體基因組核苷酸序列中基因斷點的新方法，同時考慮到可能的高替代率。該方法在軟體包DeBBI中實作。 DeBBI 允許獨立分析基於轉置和反轉的斷點，並使用平行程式設計，允許利用現代多處理器系統。對合成資料集的廣泛測試，涵蓋廣泛的序列差異和不同數量的引入斷點，證明了 DeBBI 產生準確結果的能力。使用不同分類群物種的案例研究進一步顯示 DeBBI 對現實生活資料的適用性。雖然（一些）多序列比對工具也可以用於手頭上的任務，但我們證明，特別是短的、保守性差的 tRNA 基因之間的基因斷裂可以使用所提出的方法更頻繁地檢測到。結論所提出的方法建構了輸入序列的位置註釋 de-Bruijn 圖。使用啟發式演算法，在該圖中搜尋稱為凸起的特定結構，這些結構可能與斷點位置相關。儘管這些結構尺寸很大，但演算法只需要少量的圖遍歷步驟。