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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2025-03-05
摘要
轉錄因子結合位點（TFBS）是演化創新的重要來源。透過繪製 TFBS 適應性景觀，可以了解演化如何導航此類位點的序列空間。在這樣的景觀中，單一位置對應於由轉錄因子結合的 TFBS。此位置的升高對應於序列傳達的轉錄調控的強度。在這裡，我們開發了一種體內大規模並行報告分析來繪製細菌 TFBS 的圖譜。我們將此測定應用於 TetR 阻遏蛋白，而對於該阻遏蛋白，TFBS 知之甚少。我們量化了 17,765 個 TFBS 的轉錄抑制強度，結果顯示結果非常崎嶇，有 2092 個峰值。只有少數峰值表現出比野生型更強的抑制。突變之間的非加性（上位）交互作用很常見。儘管有這些崎嶇的標誌，但大多數高峰都是可以透過進化到達的。它們擁有巨大的吸引力盆地，大約 20% 的人口能夠到達該地區。在進化過程中達到哪個高峰是不可預測的，並且取決於所採取的突變路徑。對原核生物基因調節因子的深入分析揭示了一種可航行的景觀，但比真核生物調節因子的景觀更崎嶇。