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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2026-01-29
摘要
背景 原子到原子圖在許多應用中發揮重要作用。然而，它們通常很難獲得。 KEGG 反應資料庫不提供其反應的原子到原子圖，而是以所謂的 RCLASS 形式描述反應物和產物分子對的局部變化。 RCLASS 資料是為分類目的而開發的，很難用於建立原子間圖或反應規則等目的。另一方面，DPO 圖轉換規則可以作為一種方便且高效的表示形式，特別是對於這些應用程式。 RCLASS 資料可以理解為反應物和反應產物中局部圖形模式的集合，以及原子的部分對應關係。因此，將 RCLASS 資料轉換為 DPO 規則的問題是圖重建問題的一個特例，該問題包括從子圖集合推斷出圖。結果我們開發了laveau，這是一種根據 KEGG 反應和 RCLASS 資料計算明確 DPO 規則的工具。此演算法逐步進行，首先將 KEGG 資料庫專門開發的各個 RDM 程式碼轉換為等效的 RDM 模式圖。然後，根據它們嵌入到反應物和產物分子中的情況，將相同 RCLASS 的多個 RDM 模式圖組合起來，觀察某些一致性條件。在最後一步中，這些組合的成對模式分別合併成一對反應物和產物的子圖。如果連接所有反應物和產物分子對的 RCLASS 可用，則完整的反應中心包含在這些子圖的並集中。然後，從 RDM 程式碼繼承的原子到原子映射定義了 DPO 轉換規則。將這些規則應用於反應物即可產生完整的原子到原子圖（AAM）。從 3195 個 RCLASS 開始，laveau 總共產生了 1232 個 DPO 規則和 1594 個 AAM。結論laveau 軟體可以從 KEGG 資料庫的 RCLASS 中提取局部原子到原子圖，涵蓋大量酵素催化反應。結果以 DPO 規則的形式提供，用於代謝網絡的原子級模型，填補了可用數據的關鍵空白。
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