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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2026-03-12
摘要
動機：缺陷病毒基因組 (DVG) 是野生型 (wt) 病毒的變體，缺乏自主完成感染週期的能力。然而，在其親代（輔助）wt 病毒存在的情況下，DVG 可以乾擾功能基因組的複製、衣殼化和傳播，在病毒進化中充當重要的選擇力量。 DVG 也會影響宿主的免疫反應，並與慢性感染和較輕微的症狀有關。因此，識別和表徵 DVG 對於了解感染預後至關重要。量化 DVG 具有挑戰性，因為它們無法自我維持，這使得很難將它們與輔助病毒區分開來，尤其是使用高通量 RNA 定序時。準確的定量對於了解它們與輔助病毒的動態相互作用至關重要。結果：我們提出了一種透過識別與預期定序深度有顯著偏差的基因組區域來同時估計樣本中 DVG 和 wt 基因組豐度的方法。我們的方法涉及透過線性方程組重建深度剖面，該方程組提供了每種類型的 wt 和 DVG 基因組數量的估計。到目前為止，電腦方法僅估計了局部基因組區域的 DVG 與 wt 的比率。這是第一個透過短讀長 RNA 定序同時估計全基因組 wt 和 DVG 比例的方法。