本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #314
- 日期：2026-03-18
摘要
RNA二級結構的動態變化在許多調控RNA的功能中扮演重要角色。這種動力學效應，特別是在時變和外部觸發系統中，通常透過對大量單獨折疊軌跡進行廣泛且昂貴的模擬來研究。在這裡，我們描述了一種通用方法的理論基礎，該方法不僅允許直接計算近似人口密度，而且還可以將分析折疊能量景觀所需的工作量減少到一次性預處理步驟。基本概念是考慮單一景觀的動力學，並將外部觸發因素和環境變化建模為景觀中微小但離散的變化。條形圖連接了時間上相鄰景觀的宏觀狀態，並定義了人口密度從快照到下一個的轉移。這種方法在 BarMap 軟體中實現，使得研究盆地、鞍點和許多非平穩場景的屏障水平的折疊過程成為可能，包括溫度變化、共轉錄折疊、降解導致的重新折疊，以及將聚合物拉過孔的情況下的機械約束動力學。