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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #359
- 日期：2026-03-18
摘要
RNA-RNA 交互作用問題 (RIP) 涉及兩個相互結合的 RNA 分子的能量最佳結構。 Alkan 等人提出的標準模型。 (J. Comput. Biol. 13: 267-282, 2006) 允許兩個夥伴中的二級結構以及兩個 RNA 之間的額外鹼基對受到某些限制，從而允許多項式時間動態編程解決方案。我們基於「緊密結構」的概念推導了 RIP 的配分函數，作為 Chitsaz 等人方法的替代方案。 （生物資訊學，ISMB 2009）。這種動態程式方法在這裡透過鹼基配對機率的全面計算進行了擴展。 O(N6) 時間和 O(N4) 空間演算法在 C 中實現（可從 獲得），並且足夠有效地研究小細菌 RNA 與其目標 mRNA 之間的相互作用。