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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #1067
- 日期：2026-03-18
摘要
提出了一種嚴格產生最小自由能和任意上限之間的所有次優二級結構的演算法。該演算法在最小自由能附近表現得特別好。這使得統計量的有效近似成為可能，例如配分函數或結構多樣性的測量。低能量狀態密度及其相關結構對於從熱力學角度評估基態的定義程度至關重要。我們透過探索鹼基修飾在 tRNA 二級結構中的作用來證明這一點，無論是在「大腸桿菌」的單一序列層級上，還是透過比較人工生成的具有相同 tRNA 結構的修飾和未修飾序列的集合。兩個主要結論是：（1）鹼基修飾透過將能量上相鄰的結構限制為與基態相似，大大提高了基態結構的定義；（2）基態結構在熱力學上明確定義的序列顯示出緩衝單點突變的顯著趨勢。這可能具有進化意義，因為改善具有生物功能的基態定義的選擇壓力可能會導致中性性的增加。