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聖塔非研究所

RNA二級結構的快速摺疊與比較

2026-03-18 · 工作論文 · 更新 2026/03/19 上午01:25

摘要 提出了用於計算和比較 RNA 二級結構的計算機代碼，即“維也納 RNA 包”，該代碼基於動態編程演算法，旨在預測具有最小自由能的結構以及計算平衡配分函數和鹼基配對機率。引入了一種針對 RNA 反向折疊問題的有效啟發式方法。此外，我們還提供了緊湊且高效的程序，用於基於樹編輯和比對來比較 RNA 二級結構。所有電腦程式碼均以“ANSI C”編寫。它們包括在具有分散式記憶體的平…

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論文資訊

  • 類型：工作論文
  • 編號：工作論文 #1493
  • 日期：2026-03-18

摘要

提出了用於計算和比較 RNA 二級結構的計算機代碼，即“維也納 RNA 包”，該代碼基於動態編程演算法，旨在預測具有最小自由能的結構以及計算平衡配分函數和鹼基配對機率。引入了一種針對 RNA 反向折疊問題的有效啟發式方法。此外，我們還提供了緊湊且高效的程序，用於基於樹編輯和比對來比較 RNA 二級結構。所有電腦程式碼均以“ANSI C”編寫。它們包括在具有分散式記憶體的平行計算機上實現修改後的演算法。在英特爾超立方體上進行的性能分析表明，序列越長，並行計算的效率就會逐漸提高。