聖塔非研究所

使用基於知識的勢探索蛋白質序列空間

2026-03-18 · 工作論文 · 更新 2026/03/18 下午09:58

摘要 基於知識的勢可用於確定胺基酸序列是否可能折疊成指定的天然蛋白質結構。我們利用這個想法來調查蛋白質空間中的序列結構關係。特別是,我們測試了以下兩個命題,發現這兩個命題對於有效演化很重要:折疊成特定原生折疊的序列形成廣泛的中性網絡,滲透到序列空間。任何兩個天然折疊的中性網絡在幾個點突變內彼此接近。使用兩種截然不同的勢函數(M. Sippl 的 PROSA 對勢函數和基於神經網…

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論文資訊

  • 類型:工作論文
  • 編號:工作論文 #1011
  • 日期:2026-03-18

摘要

基於知識的勢可用於確定胺基酸序列是否可能折疊成指定的天然蛋白質結構。我們利用這個想法來調查蛋白質空間中的序列結構關係。特別是,我們測試了以下兩個命題,發現這兩個命題對於有效演化很重要:折疊成特定原生折疊的序列形成廣泛的中性網絡,滲透到序列空間。任何兩個天然折疊的中性網絡在幾個點突變內彼此接近。使用兩種截然不同的勢函數(M. Sippl 的 PROSA 對勢函數和基於神經網路的勢函數)的電腦模擬來驗證這些說法。