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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #27
- 日期：2026-03-18
摘要
抽象的 。雙推出圖變換自然地促進了化學反應的建模：標記無向圖模型分子和直接推導模型化學反應。然而，最直接的建模方法忽略了原子及其鄰居在空間中的相對位置。因此，無法區分化合物的立體異構體，儘管它們的化學活性可能大不相同。在這篇文章中，我們提出了一種擴展的化學圖轉換系統，其屬性對局部幾何資訊進行編碼。此建模方法基於所謂的“有序列表方法”，其中對每個頂點的入射邊集施加順序，排列組確定與相同局部空間嵌入相對應的順序的等價類。該方法之前已在圖轉換的背景下使用，但我們在這裡提出了一個也允許部分指定立體資訊的框架。雖然需要考慮幾種立體化學構型，但我們在這裡重點關註四面體分子形狀，並提出如何處理所有其他化學相關局部幾何形狀的一般原則。我們使用幾個化學範例來說明我們的框架，包括碳水化合物立體異構體的枚舉以及檸檬酸循環中烏頭酸酶的立體特異性反應。