聖塔非研究所

塑造空間:RNA 基因型-表現型繪圖的可能性與可實現性

2026-03-18 · 工作論文 · 更新 2026/03/18 下午11:10

摘要 了解哪些表現型可以從哪些基因型獲得是理解演化過程的基礎。這種可及性的概念可用於定義表型之間的接近關係,而與它們的相似性無關。由於中性,表現型表示基因型的等價類。因此,表現型之間鄰域關係的定義依賴於基因型空間中基因型等價類之間鄰域關係的統計。將 RNA 序列(基因型)折疊成二級結構(表型)是實現這些概念的理想案例。我們研究了 RNA 序列折疊在多大程度上在最小自由能二級結構…

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論文資訊

  • 類型:工作論文
  • 編號:工作論文 #1115
  • 日期:2026-03-18

摘要

了解哪些表現型可以從哪些基因型獲得是理解演化過程的基礎。這種可及性的概念可用於定義表型之間的接近關係,而與它們的相似性無關。由於中性,表現型表示基因型的等價類。因此,表現型之間鄰域關係的定義依賴於基因型空間中基因型等價類之間鄰域關係的統計。將 RNA 序列(基因型)折疊成二級結構(表型)是實現這些概念的理想案例。我們研究了 RNA 序列折疊在多大程度上在最小自由能二級結構集上引發「統計拓撲」。由此產生的鄰近關係提出了「連續」結構轉換的概念。然後,我們可以透過辨識那些不可約不連續的轉變,在 RNA 結構層次上合理化進化軌跡中的主要轉變。這是透過電腦模擬來顯示的。組織 RNA 形狀集的統計拓撲解釋了為什麼序列空間中的中性漂移在演化優化中起著關鍵作用。