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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #789
- 日期：2026-03-18
摘要
我提出了一種演算法，可以根據遺傳擾動對基因活動的影響來重建基因網路中的直接調控交互作用。基因組技術已經實現了可行的大規模實驗，擾亂許多基因的活性，然後評估每個個體擾動對生物體中所有其他基因的影響。目前的實驗技術無法區分遺傳擾動的直接影響和間接影響。間接效應的一個例子是編碼蛋白激酶的基因 X，它會磷酸化並活化轉錄因子 Y，然後活化基因 Z 的轉錄。 X 直接影響基因 Y 的活性，而它間接影響基因 Z。重建遺傳網絡意味著在實驗分辨率的範圍內，針對每個基因識別受干擾基因對其他基因的直接影響。人們可以將其視為識別網絡的因果結構。我介紹了一種演算法，可以為任意大小和複雜度的網路執行此任務。它是基於遺傳網路的圖形表示。儲存和時間方面的演算法複雜度都很低，小於$O(n^2)$。實際上，該演算法可以在桌面工作站上僅用 CPU 秒來重建數千個基因的網路。