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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #1338
- 日期：2026-03-18
摘要
我們使用 McCaskill 引入的配分函數方法計算了全長 HIV-1 基因組二級結構的鹼基對機率分佈（McCaskill 1990）。透過分析鹼基對機率的完整分佈而不是有限數量的二級結構，我們獲得了有關 HIV-1 二級結構的更完整和可靠的資訊。我們引入了將機率分佈中的信息壓縮為序列中每個核苷酸一個值的方法。使用這些方法，我們將二級結構表示為鹼基對機率的加權平均值，並且我們可以識別具有相對明確的鹼基配對的有趣二級結構。結果顯示，根據生化資料預測的分子 5' 端已知二級結構的可能性很高。 Rev 響應元件 (RRE) 作為二級結構中的獨特元件出現。它在高親和力位點有一個亞穩定結構域，用於結合 Rev。整體結構在分子的前 4000 個鹼基中分解成相當小的獨立結構。其餘 5000 個鹼基（不包括末端重複序列）形成單一大型結構，RRE 位於其頂部。