聖塔非研究所

文昌魚 Hox 簇:特徵、比較基因體學和演化

2026-03-18 · 工作論文 · 更新 2026/03/18 下午03:11

摘要 文昌魚 Hox 簇通常被視為脊索動物譜系的「原型」。在這裡,我們描述了從 Hox14 到 Hox1 跨越文昌魚的 Hox 簇的 448kb 區域。我們提供了所有 14 個先前描述的文昌魚序列的完整編碼序列,並描述了保守非編碼調控序列元件的詳細分析。我們發現Hox簇的後部衍生得如此之高,以至於即使完整的基因組序列也不足以決定後部Hox基因是否由獨立複製產生,或者它們是否是相…

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論文資訊

  • 類型:工作論文
  • 編號:工作論文 #393
  • 日期:2026-03-18

摘要

文昌魚 Hox 簇通常被視為脊索動物譜系的「原型」。在這裡,我們描述了從 Hox14 到 Hox1 跨越文昌魚的 Hox 簇的 448kb 區域。我們提供了所有 14 個先前描述的文昌魚序列的完整編碼序列,並描述了保守非編碼調控序列元件的詳細分析。我們發現Hox簇的後部衍生得如此之高,以至於即使完整的基因組序列也不足以決定後部Hox基因是否由獨立複製產生,或者它們是否是相應顎口類同源基因組的真正的直系同源物。相比之下,前部區域保存得更好。文昌魚 Hox 簇強烈排除重複元素,但後部區域的兩個重複島除外。在頜口動物中也觀察到重複排除,但在原口動物 Hox 簇中沒有觀察到。因此,我們假設較短的脊椎動物Hox簇是基因組複製後調節DNA冗餘的廣泛解決的結果,而不是從簇中去除非功能序列的選擇壓力的結果。