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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #1227
- 日期：2026-03-18
摘要
分子自組裝在生化系統中經常遇到，產生具有明確功能的高階結構。然而，這些過程背後的驅動力尚不清楚。 「晶格分子自動機」（LMA）是一種計算工具，適用於模擬大規模分子系統中的自組織過程。本文介紹了在離散場、元胞自動機環境中發展分子動力學和自組裝所需的基本計算概念：分子物件被編碼為六角晶格上的資料結構。傳播力粒子與動能和位能項一起，定義了相對於指定的分子動力學和力場屬性具有最小複雜性（物理變量的數量以及相互作用函數）的模擬對象。在本文中，我們透過將分子類型特定的力場分解為透過傳播力資訊粒子構造的離散場，重點關注各種分子間相互作用的數學和演算法公式。作為範例，顯示了水環境中聚合物動力學的模擬。簡要討論了 LMA 概念在大規模平行架構上的直接可實現性以及在計算奈米技術領域的可能應用。參考文獻 [1] 詳細討論了 LMA 的熱力學特性以及各種其他物理化學特性。