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論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #1056
- 日期：2026-03-18
摘要
幾乎所有 RNA 分子——以及大 RNA 分子的幾乎所有子序列——都形成二級結構。因此，二級結構本身的存在並不顯示任何功能意義。事實上，我們可能不會期望病毒基因組或 mRNA 的所有部分都具有保守的二級結構，即使存在顯著水平的序列保守性。我們提出了一種檢測相關 RNA 序列家族中保守 RNA 二級結構的新方法。我們的方法是基於預測所有平衡鹼基配對機率的矩陣和比較序列分析的組合。與純粹的系統發育方法相比，我們的演算法可用於大約十個序列的小資料集，有效地利用序列變異性中包含的資訊。該程式在人工資料集上進行了測試，表明它確實檢測到很少的誤報。某些 RNA 病毒（HIV1 和漢塔病毒）的應用使用完整的基因組 RNA。在所有情況下，我們都能夠識別大多數已知的二級結構特徵。此外，我們預測還有大量迄今尚未描述的保守結構元件。