本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：工作論文
- 編號：工作論文 #1127
- 日期：2026-03-18
摘要
描述基因組中所有基因可能相互作用的天文數字是傳統實驗技術不適合的任務。迫切需要快速且便宜的方法來識別相互作用基因的候選基因，這些候選基因可以透過實驗進一步研究。這裡引入這樣的方法用於一類重要的基因交互作用，即透過與特定增強子或沉默子位點結合的轉錄因子（TF）進行轉錄調節。此方法解決了以下問題：基因組中的哪些基因可能受到一個或多個已知 DNA 結合特異性的 TF 的調節？它利用了許多 TF 在轉錄活化中表現出協同性的事實，這表現在緊密間隔的 TF 結合位點上。這種結合位點的「簇」不太可能單獨出現，與基因組中通常豐富的單一位點相反。這裡，基因組中結合位點簇的統計資訊由以下資訊補充：(i) TF 的已知生化功能，(ii) 其結合位點的結構，以及 (iii) 簇附近基因的功能，以識別可能受給定轉錄因子調節的基因。一些應用透過「釀酒酵母」的基因組和四種不同的 DNA 結合活性、SBF、MBF、bHLH 蛋白的一個亞類和 NBF 進行了說明。該技術可能有助於發現已知功能的基因之間的相互作用，以及將生物功能分配給假定的開放閱讀框架。